O Programa de Saúde dos CIEPs integrou a assistência médico-odontológica a um projeto educacional inovador, visando atender tanto as necessidades dos alunos quanto da comunidade. Cada CIEP contava com um técnico de enfermagem permanente em horário integral, uma enfermeira de horário parcial diário, além da visita de um médico pediatra e de um dentista 2 vezes por semana.
O programa foi estruturado considerando os direitos à vida, saúde e educação como bases da dignidade humana. Para oferecer Atenção Primária à Saúde nas escolas, implementou cuidados médicos, odontológicos, de enfermagem e nutrição, integrados à higiene pessoal e dos ambientes escolares. Além disso foi desenvolvida educação para prevenção, através da produção de materiais didáticos, treinamento de professores e atividades para crianças e adolescentes, abordando temas como alimentação, higiene, vacinação, sexualidade e ecologia.
Cada CIEP contava com um Centro Médico multifuncional, para realizar exames clínicos e oftalmológicos. Os consultórios odontológicos simplificados priorizavam o tratamento preventivo como uso de flúor e supervisão da escovação, além de pequenas ações curativas. O Centro Médico funcionava em turno integral e noturno e aos finais de semana, atuando como posto de saúde para competições esportivas e campanhas de vacinação. Os diagnósticos de saúde dos alunos incluíam avaliação física geral, medidas antropométricas e triagem visual e auditiva. Casos específicos eram encaminhados para serviços ambulatoriais. Análises dos dados de milhares de alunos mostraram que as refeições supervisionadas por nutricionistas contribuíram para combater a desnutrição e promover o crescimento saudável.
