A educação física atual enfoca as pessoas como seres culturais e sociais, assim adota como princípio fundamental a inclusão de todos os indivíduos, sem seletividade por aptidão física ou rendimento. Essa compreensão favorece o desenvolvimento da autonomia, participação, cooperação, afetividade e afirmação de valores democráticos. Na escola de educação integral, que propõe socialização, instrução escolar e formação cultural, a educação física promove a integração das diversas áreas de conhecimento às atividades desenvolvidas na escola baseada no conceito de corpo e movimento, fundamentais para acesso a conhecimentos práticos e conceituais.
No CIEP, a proposta de Educação Física se fundamentava em três eixos: conhecimento do corpo; atividades rítmicas e expressivas; esportes, jogos, lutas e ginásticas. Seja qual fosse o eixo priorizado, os alunos recebiam formação diversificada, adequada aos objetivos da educação integral: formação completa, humana e preocupada com o preparo para uma vida social digna. Durante a implantação dos CIEPs na década de 90, foram criados centros olímpicos organizados em polos esportivos, visando possibilitar a descoberta de novos talentos.
A partir das habilidades já adquiridas pelos alunos, o CIEP tinha objetivo e instalações para garantir acesso a aprendizagens que não são possíveis fora da escola. Muitas vezes, a escola é o único espaço que a criança tem para brincar, daí a importância de aproveitar essa oportunidade e o interesse delas para, através do jogo, trabalhar valores sempre de forma interdisciplinar. Dentre as práticas corporais desenvolvidas, o jogo é fundamental para a adesão dos alunos ao ambiente escolar, além de promover respeito à diversidade, às possibilidades de cada um, e aos diferentes ritmos individual e do grupo.
Cada CIEP possui um ginásio coberto, com arquibancada e vestiários para ambos os sexos. Este espaço também é utilizado para apresentações teatrais, shows de música, roda de capoeira, festas e outras propostas, por isso chamado de Salão Polivalente. Esta quadra de esportes é adaptada para a prática de futebol de salão, vôlei, basquete e ginástica. Alguns CIEPs, com disponibilidade menor de espaço, tinham sua quadra de esporte localizada no topo do prédio principal, mas nenhum deles deixava de oferecer uma quadra e uma biblioteca. Dos 506 CIEPs construídos, 44 deles ofereceram atividade de natação nas piscinas que foram construídas no seu espaço. Como todas as outras atividades de Educação Física, a natação também era aberta em final de semana à participação da comunidade, com a presença de professores específicos e salva-vidas.
Os CIEPs abrigavam Clubes Esportivos que utilizavam suas instalações e equipamentos aos finais de semana para alunos e demais jovens da comunidade. As atividades eram organizadas pelos professores de Educação Física, muitas vezes em conjunto com os animadores culturais, que atuavam em sistema de rodízio com aulas de voleibol, basquete, futebol, dança e outras. Esta função era indispensável para recuperar o papel político e social da escola aproximando-a da comunidade.